故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟,）宠物小精灵之小瑞宠物小精灵之小天宠物小精灵之一辉宠物小精灵之阿羽宠物小精灵之小智宠物小精灵之小智新传宠物小精灵之小亮宠物小精灵之小火宠物小精灵之强者小智 宠物小精灵之我是小智 宠物小精灵之狂想曲 宠物小精灵之精灵猎手宠物小精灵之小风神奇宝贝之小智新旅行 神奇宝贝之超梦神奇宝贝之阿火神奇宝贝之小东神奇宝贝之小洛神奇宝贝之小惠神奇宝贝之小希神奇宝贝之雪景如梦 （不是复制的,超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇,在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜,城都联盟篇结束后,小刚也因为因家里有事和小智分开了,两人都为了达成各自的目标,另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标。
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有狩猎凤蝶、七夕青鸟、梦妖魔、风速狗、漂浮泡泡、艾路雷朵等。
城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分开了。
小智重新出发，因为想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。
联盟大会结束后，改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。 两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗。
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