奇异龙的分类
奇异龙被认为与棱齿龙科、棱齿龙有接近亲缘关系，但因为奇异龙健壮的体型、独特的后肢、以及长的头颅骨，而被认为与其他棱齿龙科有所区别。在1974年，彼得·加尔东（Peter Galton）根据奇异龙的后肢结构以及重体型、或适合奔跑的体型（根据他的研究），提出奇异龙应归于禽龙科。这个论点并未采用，而莫里斯强烈地反对加尔东的分类。加尔东所提出的禽龙科范围并非天然演化支，而是复系群，所以并不被现代亲缘分支分类法所采用。奇异龙经常被归类于个别的奇异龙科（Thescelosauridae）或奇异龙亚科（Thescelosaurinae）。三个最近的研究发现奇异龙与帕克氏龙有接近关系，可能共组一个演化支；但其中一个研究（大卫·诺曼在2004年的研究）很难以解译，因为该研究的图表并未包含禽龙类。这个区域的恐龙分类非常复杂，因为缺乏研究，有些研究认为棱齿龙科是天然演化支，其他的研究则认为棱齿龙科不是天然演化支，而是个并系群，由许多小规模演化支构成，其中有个分支演化成禽龙类。在90年代中晚期以后，棱齿龙科是天然演化支的假说逐渐少用。根据不同的研究，奇异龙曾被认为是种基础棱齿龙类，也曾被认为是种非常衍化的棱齿龙类。在2008年，一份研究提出目前归类于漠视奇异龙的标本，有部份并不属于漠视奇异龙。根据早期的亲缘分支分类法研究，厚颊龙被认为是奇异龙的最近亲。直到2009年，Clint A. Boyd等人发现奇异龙、厚颊龙是相同属的两个物种，他们更提出某些被归类于漠视奇异龙的标本，其实不属于漠视奇异龙，可以成立第三个种。
奇异龙的发现过程与种
异龙的模式标本（标号USNM 7757）是在1891年由古生物学家约翰·贝尔·海彻尔（John Bell Hatcher）与威廉·厄特巴克（William H. Utterback）所发现，发现于美国怀俄明州奈厄布拉勒郡的兰斯组，年代为上白垩纪的马斯特里赫特阶晚期。这些骨骸存放在货运箱中多年，直到1913年，史密森尼学会所属美国自然历史博物馆的查尔斯·怀特尼·吉尔摩尔（Charles W. Gilmore）在一个简短研究中叙述这些骨骸；吉尔摩尔对于这个标本，在长久没有照料之下还能保持良好状态而感到惊讶，因此命名它们为漠视奇异龙（T. neglectus）。在当时，吉尔摩尔认为奇异龙与弯龙有接近亲缘关系。吉尔摩尔在1915年的一个专题论文中，对这个保存良好的骨骸做了更详细的叙述。奇异龙的模式标本被发现时，呈现关节未脱落的良好状态，只缺少头部与颈部，这些部位因为侵蚀作用而遗失。吉尔摩尔认为奇异龙是种轻型、敏捷的物种，并将它们归类于棱齿龙科，棱齿龙科是一群二足草食性恐龙。在1890年代后期到1900年代，发现了许多其他类似动物的化石，但它们并没有引起太多的注意。在1926年，威廉·帕克斯（William Parks）在年代较为古老的加拿大亚伯达省马蹄峡谷组发现了另一个保存良好的骨骸，名为瓦氏奇异龙（T. warreni）。瓦氏奇异龙的骨骸与漠视奇异龙有显著的不同，因此查尔斯·斯腾伯格（Charles M. Sternberg）在1937年建立了新属帕克氏龙。斯腾伯格并且将另一个关节未脱落的骨骼，连同其部份头颅骨（编号NMC 8537），命名了另外一种，埃德蒙顿奇异龙（T. edmontonensis）；斯腾伯格并注意到奇异龙的重型体格与厚骨头，与通常较轻型的棱齿龙科不同，他提出奇异龙足以成立个别的亚科，奇异龙亚科。彼得·加尔东（Peter Galton）在1974年重新研究埃德蒙顿奇异龙，认为该标本是漠视奇异龙的较为粗壮个体，原因可能是两性异形。在2009年，Clint A. Boyd等人则认为这个大型化石，不属于漠视奇异龙、加尔班尼氏奇异龙，而是奇异龙属的分类不明种。而埃德蒙顿奇异龙的脚踝，被加尔东认为遭到损害而没有叙述，但威廉·莫里斯在1976年提出该脚踝可证明埃德蒙顿奇异龙、漠视奇异龙是不同种。莫里斯在他的1976年研究中研究了编号SDSM 7210标本，发现于南达科他州的哈定郡的海尔河组，年代为马斯特里赫特阶晚期；该标本包含一个部份头颅骨、2节部分脊椎、2个指骨，下颌与颊部的外侧拥有大型脊棱，莫里斯认为该标本是奇异龙的未确认种。莫里斯发现这个标本有前上颌骨牙齿，齿列位于内侧深处，提出它们在生前可能具有肉质的颊部，位于嘴部的两侧。这个标本的嘴部宽，具有大型眼睑。许多年来，这个头颅骨被认为是种未命名的棱齿龙类，直到加尔东在1995年将它们建立为新属，厚颊龙（Bugenasaura），模式种是下层厚颊龙（B. infernalis）。属名意为“有大型脸颊的蜥蜴”，意指上颌骨、齿骨的外侧，都有一道明显的棱脊；种名则意为“来自下层的”。 同样在1995年，莫里斯研究了编号LACM 33542标本，该标本包含5节颈椎、11节背椎、部分股骨、胫骨、跗骨、脚掌，发现于蒙大拿州加菲尔德郡的海尔河组。莫里斯将这个大型标本命名为新种，加尔班尼氏奇异龙（T. garbanii），以发现化石的业余古生物学家亨利·加尔班尼（Harley Garbani）为名。加尔班尼氏奇异龙身长约4.5米，比漠视奇异龙的标本平均身长还长，几乎是棱齿龙的两倍大小。因为莫里斯认为该标本的脚踝类似埃德蒙顿奇异龙的脚踝，所以他将加尔班尼氏奇异龙归类于奇异龙，但莫里斯不确定它们是否属于奇异龙。然而，科学文献较偏向加尔东的观点，认为埃德蒙顿奇异龙与漠视奇异龙只是两性异形的结果。在1995年，加尔东命名厚颊龙时，认为埃德蒙顿奇异龙与加尔班尼氏奇异龙的类似脚踝，其实是后者标本曾损伤的结果。为求较好的分类方式，加尔东提出将加尔班尼氏奇异龙归类于厚颊龙，成为加尔班尼氏厚颊龙（B. garbanii）；但加尔班尼氏厚颊龙的后肢可能来自于体型类似的厚头龙下目剑角龙，或是其他恐龙。在2009年，Clint Boyd等人公布一份奇异龙、厚颊龙、帕克氏龙的比较研究。他们发现奇异龙与帕克氏龙是不同的属。他们也发现下层厚颊龙（B. infernalis）的编号SDSM 7210标本，其头颅骨与奇异龙的颅后骨骼相当符合，于是将这个标本归类于奇异龙的未命名种，T. sp.，状态是个疑名。至于加尔班尼氏厚颊龙（B. garbanii）的编号LACM 33542标本，虽然化石较为残缺，但明确地属于奇异龙，于是将这个种改名为加尔班尼氏奇异龙（T. garbanii），是目前的第二个有效种。而原本被归类于漠视奇异龙的编号RSM P.1225.1标本，有某些特征不同于漠视奇异龙，足以成立第三个有效种。在2011年，编号RSM P.1225.1标本被建立为新种，阿西尼博亚奇异龙（T. assiniboiensis）；种名是以化石发现处附近的阿西尼博亚为名。这个标本是个几乎完整、关节仍连结的小型身体骨骼，发限于加拿大萨克其万省的法国人组（Frenchman Formation）地层，地质年代相当于马斯特里赫特阶晚期
